ב-19 באפריל 1939 נולד בעיר השיעית הדתית שבאיראן משהד, במחוז ח'וראסאן, עלי ח'אמנאי. הוא היה בנו השני של ג'וואד ח'אמנאי, אזרי ולא פרסי במוצאו ומיוחס דורות אחורה למוחמד ולצאצאיו (מה שמקנה לו ולמשפחתו את התואר "סייד" SEID) . אביו היה מלומד אסלאמי שיעי צנוע ועני שניסה לחנך את בני משפחתו לנהוג בצניעות.

עלי ח'אמנאי סיפר לימים: "אבא שלי, למרות שהיה דמות דתית ידועה, היה קצת סגפן. היו לנו חיים קשים. לפעמים לארוחת ערב לא אכלנו אלא לחם עם כמה צימוקים, שאמא שלנו איכשהו אלתרה… הבית שלנו, כשישים וחמישה מטרים רבועים, היו מורכבים מחדר בודד וממרתף קודר. שנים מאוחר יותר קנו כמה אנשי צדקה את המגרש הקטן והריק הסמוך לבית שלנו, אז הצלחנו לבנות עוד שני חדרים."

הביוגרפיה הרשמית של ח'אמנאי מנסה להדגיש את היותו איש דת ואדם דתי, אבל לקרוא לח'אמנאי קודם כל "אייתוללה" שהיא הדרגה הגבוהה בשיע האסלאמית זה פשוט דבר שגוי. ח'אמנאי היה קודם כל פעיל פוליטי ואיש פוליטי ופחות איש דת. למעשה, לפני שהתמנה במפתיע למנהיג העליון של איראן כשעד 1989 הוא כיהן במשך 8 שנים כנשיא איראן, ח'אמנאי היה איש דת מדרגה יותר נמוכה מאייתוללה- חוג'ת אל אסלאם. לדרגת אייתוללה ולדרגת "מודל לחיקוי" (מרג'ע-א-תקליד) מבחינה דתית הוא עלה רק בעקבות מינויו למנהיג העליון של איראן.

בגיל ארבע נשלחו מוחמד ח'אמנאי האח הגדול ואחיו הצעיר עלי למכאתב, בתי הספר היסודיים הדתיים של אז, כדי ללמוד את האלפבית הערבי-פרסי, ללמוד את השפה הערבית ואת הקוראן.. מאוחר יותר, הוא הועבר לבית ספר אסלאמי שזה עתה הוקם כדי להמשיך ללמוד.

לאחר לימוד בסיסי זה, המשיך עלי את לימודיו בסמינר התיאולוגי במשהד, בעיקר בעידוד הוריו.

עלי הצעיר היה רק ​​בן שמונה עשרה כשהחל את לימודיו ברמה הגבוהה ביותר. הוא החליט לעלות לרגל למקדשים הקדושים בעיראק, עזב את איראן לעיר השיעית הקדושה נג'ף בעיראק בשנת 1957 (בגלל זה הערבית שהוא מדבר היא במבטא עיראקי). לאחר מכן לאחר התייעצות עם אביו חזר לאיראן, לעיר השיעית הקדושה קום כדי להמשיך את לימודיו. במהלך נדודיו הוא פוגש איש דת איראני פרסי (ויש האומרים ממוצא הודי) כריזמטי בשם רוחאללה ח'ומייני, ומתקרב אליו. בהמשך הוא יהפוך לעוזרו הקרוב ש"יוצק מים על ידיו".

בעת לימודיו הוא קיבל את הבשורה הרעה שאביו איבד את ראייתו בעין אחת ולא היה מסוגל לקרוא כמו שצריך. הדבר גרם לו לחזור לעיר הולדתו משהד ותוך כדי שהוא משרת את אביו החולה הוא מתקרב לאייתוללות הבכירים של העיר. הוא טוען עד היום שהצלחתו היא כתוצאה מכך שקיים את מצוות כיבוד אב ואם שקיימת גם באסלאם. על הדרך הוא גם זוכה בדרגה הראשונה והנמוכה ביותר של אנשי הדת השיעים- דרגת מוג'תאהד, ומתכוון להמשיך בלימודיו במטרה להגיע לדרגה הגבוהה ביותר.

בגיל 13 הוא כבר נחשף למצב הפוליטי באיראן- במיוחד המרד השקט דאז של כמה מאנשי הדת השיעים נגד השאהים החילוניים יחסית של איראן מבית פהלווי. בייחוד כשאיש הדת ספווי מגיע לבית הספר בו למד עלי ח'אמנאי ונושא נאום כנגד המשטר של השאה. בשנת 1962 בהיותו בעיר קום הוא הצטרף רשמית למחנה ולאנשיו של האייתוללה הקיצוני ששנא את משטר השאה ושנא את אמריקה ואת ישראל, רוח אללה ח'ומייני.

בחודש מאי 1963, בחודש מוחארם בו השיעים מציינים את חג העאשוראא, הופך ח'אמנאי לאיש הקשר של ח'ומייני לעיר משהד ונע על הקו שבין הערים קום ומשהד. בכך הוא מתחיל רשמית את דרכו הפוליטית והיותו המוציא והמביא של ח'ומייני ושאר האייתולות בקשר להפגנות ולמחאה כנגד הרפורמות המתמערבות שהנהיג השאה דאז, מוחמד רזא פהלווי. השאה דאז היה "חייב" לארצות הברית ולCIA את החזרתו לאיראן ולשילטון בה לאחר שהודח בשנת 1953 על ידי ראש הממשלה הלאומני מוחמד מוסאדק. השאה הנהיג את "המהפיכה הלבנה", שהיא כינוי לשורת רפורמות ליברליות שהנהיג השאה הפרסי מוחמד רזא פהלווי באיראן במטרה להפוך את איראן בטווח הארוך למעצמה עולמית כלכלית ותעשייתית חזקה ומודרנית בסגנון מערבי, זאת תוך זמן קצר ככל הניתן ובאגרסיביות רבה. המהפכה זכתה לכינוי "לבנה" לאור העובדה שדובר במהפכה שהתבצעה ללא שפיכות דמים. מכאן התעוררה התסיסה הדתית כנגד השאה שתביא להפלתו 16 שנים לאחר מכן.

המשך בפרק הבא….