את הקבוצה האתנית-מוסלמית המכונה "אויגורים (Uyghurs) אנו מכירים מאיזור שינג'יאנג בצפון מערב סין. איזור זה, שהערים העיקריות בו הן
אורומקי וקשגאר, מוכר כאוטונומיה שבה חיים 24 מיליון איש. רוב תושבי איזור זה הם מוסלמים והם שייכים לעמים תורכיים ומונגוליים שונים במוצאם. הקבוצה הגדולה בתוך מיעוט זה הם כאמור האויגורים, ממשיכיה של אימפריה (ח'אגאנות) תורכית עתיקה, שהתקיימה בין השנים 744 ל840 לספירה הנוצרית.. השפה האויגורית היא למעשה שפה תורכית, ואיזור שינג'יאנג, או תורכסטאן בלשונם, הוא האיזור היחיד כיום בעולם שבו נכתבת שפה תורכית באותיות ערביות. זאת בייחוד לאחר רפורמת הכתב משנת 1928 של מוסטפא כמאל אתאתורכ מייסד תורכיה המודרנית, שביטלה את השפה התורכית העות'מאנית שהייתה כתובה באותיות ערביות ומלאת מילים ממקור פרסי וערבי.
אולם בניגוד לאיזור שינג'יאנג, מקורותיהם של האויגורים הם אחרים: האימפריה האויגורית בשיאה השתרעה מצפון סין, ממערב להרי האלטאי ומונגוליה (מדבר גובי) עד לתוך קזחסטן של היום וצפונה לתוך ערבות סיביר. האויגורים, שהיוו קונפדרציה של 7 שבטים קטנים בתוך האימפריה התורכית הגדולה הראשונה של הגוק-תורכים, נחשבו ל"ילדים הרעים" והסוררים בקירבם: במאבק בין הגוק-תורכים לשושלת טאנג הסינית במאות השביעית והשמינית לספירה, האויגורים שיתפו פעולה עם השושלת הסינית וסייעו למיגור האימפריות התורכיות הראשונות. וכמו המאפיין הראשי שחוזר על עצמו אצל העמים והאימפריות התורכיות, תמיד היה שליט חזק קם ומאחד אותם תחת חסותו. גם לאויגורים היה ח'אן (שליט) כזה. הח'אן הראשי שלהם בשנת 744 היה קוטלוג בילגה קול, והוא הורה להרוג את הח'אן הגוק-תורכי האחרון, באימיי, ושלח את ראשו לקיסר שושלת טאנג הסיני.
קוטלוג בילגה קול נודע כשליט חכם ואמיץ, והוא שריכז את השבטים הקטנים תחת חסותו ותחת השם "אויגורים". בשנת 747 הוא מת, ובנו ויורשו בתפקיד, באיאנצ'ור ח'אן, החל בתהליך הפיכתם של חלק מהאויגורים מנודדים למיושבים. הוא הקים את בירת האויגורים, אורדו-באליק, והקים עיר נוספת בשם באי-באליק במעלה נהר הסלנגה. הוא המשיך במסעות צבאיים ללכד שבטים תורכיים קטנים נוספים, כמו הקירגיזים, תחת שילטונו.
הח'אן באיאנצ'ור הקים גם מערכת גביית מיסים יעילה, שהפכה את בית המלוכה, או ליתר דיוק הח'גאנות האויגורי לבית מלוכה עשיר.
באיאנצ'ור, כמו אבותיו, הקפיד לעזור לשושלת טאנג הסינית בכל הקרבות שהם ניהלו עם אויביהם שמרדו בהם, אבל לאחר מותו, בשנת 759 לספירת הנוצרים, עלה לשילטון בנו, טנגרי בוגו (שנודע בכינוי "קוטלוג טארח'אן), לא נטה חסד לשושלת טאנג הסינית ולסינים, ותיכנן לפלוש עם חייליו לתוך הקיסרות הסינית הטאנגית כדי לסייע למורדים כנגד שושלת טאנג. תוכנית זו נכשלה והח'אן החדש החליט בעל כורחו לסייע לשושלת טאנג כנגד המורדים נגדה, כמו אביו. באותן שנים פיתחו האויגורים יחסים טובים מאוד עם הסוחרים הסוגדיאנים, אלה ששלטו על דרך המשי ודרכי המסחר באיזור תורכסטאן. הברית עם הסוחרים איפשרה לאויגורים להשיג משי מסין תמורת טובין אחרים. עקב המגע עם הסוגדיאנים (שהיו ממוצא פרסי), נטשו האויגורים את הדת הטנגריסטית (אמונה בפנתיאון האלים התורכי) ואת הבודהיזם, ואימצו יותר ויותר השפעות פרסיות ואת הדת המניכאית הדואלית (מאמינה בכוחות הטוב מול כוחות הרע, שני עקרונות גדולים ונצחיים בשילוב עם נצרות). מערכת הממשל האויגורית דמתה מאוד לזאת הפרסית.
מאבקם של האויגורים כנגד הבודהיזם הגיע לשיאו בשנת 762, עת רדפו באיזור לו-יאנג בסין את המורדים כנגד שושלת טאנג. המורדים ובני משפחותיהם נסו בבהלה לתוך מקדשים בודהיסטים, אבל האויגורים, שאימצו את הדת המניכיאית, העלו באש את המקדשים על יושביהם. בסופו של דבר בני טאנג עצמם נאלצו לתת לאויגורים 100 אלף חתיכות משי כדי לשכנע אותם לעזוב. טנגרי בוגו הח'אן המשיך בעצת הסוגדיאנים המניכיאים במזימות לפלוש לתוך שטח קיסרות טאנג הסינית, אבל הדוד שלו, טון באגה, התנגד לכך והוא הרג את הח'אן טנגרי בוגו ואלפיים מאנשיו ומבני משפחתו ותפס את הכתר בשנת 779. תור הזהב של האויגורים, שנמשך 35 שנים בין השנים 744 ל-779 לספירה הגיע לקיצו. בכך גם הושם הקץ על היציבות השילטונית אצל האויגורים, כשמצביאים שונים, בייחוד מצביא אחר ושמו קוטלוג בשנת 795 לספירה תופסים את השילטון חדשות לבקרים. בין השנים 790 ל832 לספירה אירעו מלחמות בין האויגורים והטאנגים לבין הקיסרות הטיבטית, מה שהביא לניצחונות טיבטיים מרובים ולהחלשת כוחם של האויגורים. כמו כן, שבטים קטנים שונים קמו ועזבו את הקונפדרציה האויגורית וכן מרדו כנגדם. הקירגיזים הם שנודעו כמורדים העיקריים. בשנת 847 לספירה הח'אן האויגורי האחרון, אוגה, נרצח בידי הקירגיזים ובידי יריב פנימי שלו.
האויגורים המובסים היגרו לאיזור שהוא צפון-מערב סין. בהתחלה היגרו לגאנסו, שם הקימו בשנת 894 לספירה את ממלכת הגאנז'ו האויגורית ולאחר מכן שוב מערבה, אל איזור שינג'יאנג. בהמשך המירו את דתם ממניכיאיזם לאסלאם, והם נותרו מוסלמים עד לעצם היום הזה. בקרב האויגורים קיימות כיום קבוצות אסלאמיסטיות שקוראות ומפעילות טרור למען שיחרור תורכסטאן, הוא כינויו של האיזור שבו יושבים עד היום האויגורים.
בערי תורכסטאן או שינג'יאנג המאפיין העיקרי הוא שלטים שבהם כתב סיני מעורב בכתב ערבי, והשפה התורכית-אויגורית מעורבת עם הסינית.